爱尔眼科的并购模式是其业务扩张的关键策略。2014年之前，公司主要依靠上市募集的资金进行收购，这一阶段的收购标的相对较小且数量较少。2014年后，公司开始设立并购基金，通过杠杆放大收益，并加快医院培育速度，采用了“上市公司+PE”的运作模式。

在这个模式下，爱尔眼科在并购基金中少量出资，通过各并购基金培育实体，最终由上市公司收购回体内。这种操作方式让公司在不承担培育期的压力的情况下，扩充了潜在收购对象，同时因为是最后变现渠道，虽然在基金中的法律份额及话语权不起决定作用，但实质上对基金投资运作及标的选择有重大影响​

爱尔眼科的并购模式助推了其快速的扩张，但也带来了不少隐患。基金并购模式的本质是放杠杆，爱尔眼科通过较小的出资额撬动了大量资金，但这也带来了管理难度的增加和商誉风险的累积。目前公司的商誉值已经达到59.47亿，存在商誉减值的风险；公司面临减少对并购模式依赖，同时保持高质量发展的挑战。