黑屋君读《沉默》要早于看斯科塞斯的电影改编，当时最为关注的还是作者日本基督徒的独特身份以及这种身份对小说写作的影响。不管是具体的情节，还是故事主旨，斯科塞斯的电影改编是相当忠实于原著的。

电影以一封辗转两年终于抵达葡萄牙的信件开始，信中除了写到日本幕府如何残酷迫害基督徒还带来令人震惊的消息：受人尊重的神父费雷拉已然叛教。于是他的两个学生选择远赴日本，调查这一事件。在途中，他们认识了一个日本向导，叛教的基督徒吉次郎。

接下来，影片用大量的篇幅展示日本基督徒在残酷的迫害下如何继续他们的信仰，两位神父又是如何以自己的方式养育信徒们的精神。直到某个节点，当茂吉询问如果奉行大人让他们去践踏神像甚至辱骂圣母，他们应当怎么做时。两位神父给出了不同的答案。加佩神父不允许他们去践踏神像以换取生存，只说让他们向上帝祈祷用以承受折磨的勇气。而罗德里格则说，去踩吧没关系。之后是祈祷，各人向各人的上帝祈祷。

在如此情势下，最困难的便是如何向信徒，尤其是向自己解释上帝的沉默。

渐渐地，信徒们对神父的态度变得不那么友善，他们开始把他当成那个带来灾祸的人。随后，罗德里格和耶稣本人一样被出卖，落入奉行大人之手。值得注意的是，罗德里格逐渐和耶稣产生了认同。他先是能体验到耶稣基督手上的伤口，能感觉到他口中的醋。当他被吉次郎骗到溪水旁边时，在水中看到自己的容貌幻化为耶稣本人。他随后被出卖就显得顺理成章。

奉行大人为了让罗德里格弃教，采用了良心谴责的手段。不去直接折磨他本人，而是通过折磨信徒让其放弃信仰，五个信徒遭受穴吊之刑。罗德里格被迫看到这样的场景：即使几个人的性命取决于加佩神父的一次践踏神像，他还是没有选择通过弃教来拯救信徒，而是和他们一起赴海而死。

深夜中，罗德里格第开始对基督教信仰产生了怀疑，同时痛恨牢吏在受折磨者身边安然发出鼾声的冷漠世界。费雷拉出场，告诉他那不是鼾声，而是被折磨的信徒发出的呻吟。罗德里格第一次意识到自己对基督的信仰只是一种认为真理在手的骄傲，而非对苦难真正的同情。同情最终战胜骄傲，在费雷拉的搀扶下，罗德里格踏上神像，从此放弃骄傲，只求成为一个有用的异乡人。上帝也通过神父的弃教从而打破了沉默，这一次他没有像《约伯记》里那样直接说话。

因为重要的不是神的沉默，是人的呻吟。

不是质问神之沉默的咆哮，是深陷于人的呻吟而不得不背弃。

不是强者的抗拒和荣耀，是弱者的苟且和耻辱。

罗德里格的弃教反而深化了信仰，他不再像加佩那样将信仰等同于外在仪式。此后的日子里，他尽心为日本幕府检查宗教违禁品，拒绝听取吉次郎的告解，认真书写弃教文书，彷佛真的已经完全弃教。

直到最后，在佛教的葬仪上，死去的罗德里格手里放着的还是多年前茂吉赠与的简陋的基督受难像，告诉我们他以自己的方式，过完了基督徒的一生。

《沉默》的作者远藤周作在一次演讲中说过：我是基督徒，但我是日本的基督徒，我是信奉基督的日本人。

他的基督不在高高在上，而是化身凡人，爱一切世人，同情一切世人。

在另一篇小说《深河》里他这样写：“河流包容他们，依旧流啊流地。人间之河，人间深河的悲哀，我也在其中。”

这人间深河的悲哀，上帝也在其中，也就无所谓沉默。