2018年3月13日，国务院机构改革方案提请十三届全国人大一次会议审议。根据该方案，国务院不再保留工商总局、质检总局、食药监总局，将组建国家市场监督管理总局。

方案指出，将国家工商行政管理总局的职责，国家质量监督检验检疫总局的职责，国家食品药品监督管理总局的职责，国家发展和改革委员会的价格监督检查与反垄断执法职责，商务部的经营者集中反垄断执法以及国务院发垄断委员会办公室等职责整合，组建国家市场监督管理总局，作为国务院直属机构。同时，国务院还将组建国家药品监督管理局，由国家市场监督管理总局管理。

方案还指出，将国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署。保留国务院食品安全委员会、国务院反垄断委员会，具体工作由国家市场监督管理总局承担。国家认证认可监督管理委员会、国家标准化管理委员会职责划入国家市场监督管理总局，对外保留牌子。同时，国务院不再保留国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家食品药品监督管理总局。

长期研究食药监管体制的国家行政学院副教授胡颖廉对界面新闻记者表示：“本轮食品药品监管机构改革真正体现顶层设计，超脱部门搞改革，超越监管看安全，是新时代的新气象。”

他认为，任何改革方案都有优势和挑战，而这一方案面临的最大挑战是食品药品安全监管的专业性如何保障，这也是过去基层综合执法改革带来的最大思考。

针对本次在市场监管方面机构的重新组建，他指出，“大市场-专药品”模式抓住了当前食药安全治理的两大关键：食品安全监管的协调力和综合性，药品监管的特殊性和专业性。总体上说，是目前市县普遍采取市场监管综合执法的前提下，用“小折腾”获取“大红利”的方案，一定程度上有利于监管统一性。

界面新闻记者注意到，在此之前工商、质检与食药监部门分工共属于市场安全领域，但也在地方食品、药品领域的监管监督部门智能的模糊交叉，饱受争议。胡颖廉认为，改革从纵横两个维度调整监管体制，一是科学划分机构设置和职责，在强化综合执法的同时，强调专业的事由专业的人来做，所以单独组建国家药品监督管理局；二是合理界定中央和地方机构职能和权责，解决上下一般粗的“权责同构”问题，所以药品监管机构只设到省一级，带有一定垂直管理的意义，与市场监管分级管理相区别。

针对这次“调整幅度较大”的机构改革，胡颖廉认为，对改革的理解不要停留在机构拆分、合并、重组的狭隘视角，更不存在“谁并入谁”的问题，而是国家治理现代化背景下的机构范式革新。“需要注意的是，大市场不是大工商，药品监管也并没有回到2013年之前模式。”他说。

关于国家市场监督管理总局组建后续政策落地应注意的问题，胡颖廉指出三个方面：第一是事权科学划分，基于食品和药品在产业基础、风险类型等方面差异，药品上市前监管权尽量集中，食品生产经营和药品经营销售日常监管权适当下沉；第二是改革因地制宜，可赋予省级改革自主权，食品药品产业集中的地区，还是可以允许单独设立食品药品监督管理局；第三是监管人员积极性保障，地方机构改革要充分考虑基层一线监管执法人员诉求和利益，“这对于经历了多轮改革的食药监管人员尤为重要。”