1992年，哈维尔·巴登主演了比格斯·鲁纳执导的爱情片《火腿，火腿》，该片获得了第49届威尼斯电影节最佳影片，片中女主角佩内洛普·克鲁兹正是巴登现在的妻子。

2001年，巴登与约翰尼·德普合作主演《夜晚降临前》，该片根据古巴作家雷纳尔多·阿里纳斯出版的回忆录改编，巴登凭片中表演获得了第57届威尼斯电影节最佳男主角与第73届奥斯卡金像奖最佳男主角提名。

2004年，巴登主演的《深海长眠》上映，他也凭借该片拿下了第61届威尼斯电影节与第17届欧洲电影奖的最佳男主角。

2006年，巴登与娜塔丽·波特曼合作主演传记片《戈雅之灵》，饰演修道士洛伦佐。

2007年，由科恩兄弟执导，哈维尔·巴登、汤米·里·琼斯、伍迪·哈里森等主演的犯罪片《老无所依》上映，哈维尔·巴登在片中饰演一个杀手，他也凭借该片获得了第80届奥斯卡金像奖、第61届英国电影学院奖的最佳男配角。

同年，巴登还饰演了《霍乱时期的爱情》中的电报职员菲尔伦提诺·阿瑞扎，该片根据加西亚·马尔克斯同名小说改编。

2008年，巴登出演由伍迪·艾伦执导的爱情片《午夜巴塞罗那》，饰演在三个女人中间周旋的画家胡安。

2010年，巴登与亚利桑德罗·冈萨雷斯·伊纳里多合作，出演了其执导的《美错》，巴登也凭借该片获得了第83届奥斯卡金像奖最佳男主角的提名。

2012年，巴登饰演了《007：大破天幕杀机》中的前军情六处精英特工席尔瓦。

2017年，与约翰尼·德普、奥兰多·布鲁姆联袂出演的《加勒比海盗：死无对证》上映，巴登出演了想干掉杰克船长的萨拉查。