苏丹政变仅过去三天不到，在当地民众的强烈抗议下，军政府不得不采取行动平息众怒。4月12日，上任一天的苏丹过渡军事委员会主席阿瓦德·伊本·奥夫（Awad Ibn Auf）宣布辞职。13日，委员会宣布解除宵禁，并将组建新的文官政府，“保护人民需求”。

12日，原苏丹国防部长伊本·奥夫在国家电视台发表电视讲话，宣布“为了国家利益”辞职，由阿卜杜勒·法塔赫·布尔汉（Abdel Fattah Abdelrahman Burhan）接任主席一职。伊本·奥夫表示，辞职是为了维护武装部队的团结。但抗议者领袖提出，直到军方将国家统治权交给民选政府之前，他们都不会停止抗议示威活动。

11日，伊本·奥夫发表电视讲话称，军方已经逮捕总统巴希尔并推翻他领导的政府，过渡军事委员会将代为管理国家，2年后举行总统选举。当天晚些时候他宣誓就任过渡军事委员会主席。

现年62岁的伊本·奥夫自2003年达尔富尔战争后开始担任军事情报机构的领导人，2009年2月起担任苏丹第一副总统。2007年，美国对伊本·奥夫发动制裁。新上任的布尔汗也是苏丹军方的重要人物，但美联社称他的履历比苏丹其他军方高官要干净得多。

同一天，苏丹国家情报与安全局局长萨拉赫·阿卜杜拉（Salah Abdallah Gosh）也提出辞职申请，并获得布尔汉批准。《纽约时报》报道称，萨拉赫·阿卜杜拉是苏丹国内除巴希尔外权力最大的人物，也和巴希尔一样不得民心，很多示威者要求解散国家情报与安全局。

伊本·奥夫宣布辞职的消息公布后，苏丹首都喀土穆的街头爆发出一片欢呼声，但抗议活动仍继续进行，并有数十万人参加。他们反对军方夺取政权，并要求建立一个平民过渡政府。

13日，苏丹过渡军事委员会下属政治委员会主席奥马尔·扎因·阿卜丁（Omar Zein Alabedin）在记者会上说，将与苏丹各政党协商后组建过渡文职政府，过渡军事委员会今后不会干预文官政府，但国防部长和内政部长两个职位将由过渡军事委员会掌控。阿卜丁表示，军队”没有牢牢掌握权力的野心"，目的只是为过渡阶段提供安全保障。按照他的说法，如果没有出现混乱局面，至多2年的政治过渡期可能大大缩短。

阿卜丁还表示，过渡军事委员会不会向国际刑事法院引渡巴希尔；他可能在国内接受审理。伊本·奥夫11日说，巴希尔现在接受拘押，身处一个“安全地点”。

国际刑事法院2009年3月以涉嫌战争罪、反人类罪等罪名对巴希尔发出通缉令，遭到一些非洲国家谴责。2015年，国际刑事法院要求东道国南非在巴希尔出席第25届非州联盟峰会期间实施抓捕，遭到南非政府拒绝。

此外，布尔汉13日在苏丹官方电视台直播节目中发表声明，宣布解除宵禁，释放所有根据前巴希尔政权紧急状态法所审判和关押的人。他同时宣布解除苏丹所有州的军政府州长的职务，由各军区指挥官代替主持工作。

11日，伊本·奥夫宣布实行一个月的宵禁，但并无成效，游行示威者们依旧在喀士穆的军队总部大楼静坐示威。另据苏丹通讯社报道，苏丹国家情报与安全局11日宣布释放该国所有政治犯。

美联社报道称，委员会最新声明旨在安抚一些担心军方将组建军政府的示威者。已经持续了四个月的苏丹游行示威活动并没有因为军方政变而消停，且伊本·奥夫宣布组建过渡军事委员会并担任主席后愈加升温。

《纽约时报》称，这是苏丹近30年来对民主变革最强有力的呼声。苏丹警方发言人哈希姆周六（13日）表示，苏丹军队在11日、12日对示威者使用流弹，造成16人死亡20人受伤。

此外，布尔汗还呼吁反对派协助军方恢复国家正常生活，并承诺将审判所有试图杀害示威者的军方成员，着手打击腐败现象。

据英国广播公司（BBC）报道，反对派团体已经与军方进行会晤，商讨“过渡期安排”。抗议者发言人穆斯塔法（Mohammad Youssef al-Mustafa）表示，他们要求马上建立平民政府，但军方将会保留其中的一些职务。

而作为抗议活动先锋的苏丹职业者协会（SPA）则表示，过渡军事委员会的回应“没有满足人民的任何要求”，并呼吁抗议示威活动继续进行。职业者协会要求重建国家安全力量，逮捕腐败的领导人并解散前总统巴希尔领导的国民军。

SPA认为，军方发动政变只是为了重新包装遭到人民反对的军政府内核。

苏丹政变推翻前总统巴希尔，加上此前阿尔及利亚总统布特弗利卡被迫宣布辞职，令外界关注中东是否正迎来第二次“阿拉伯之春”。

英国《泰晤士报》11日报道称，将两国领导人赶下台的最后一击都来自军方，而这两位领导人都严重依赖军队的忠诚与支持来保住执政地位。但是苏丹和阿尔及利亚军队对街头群众的情绪感同身受，他们不愿冒进一步流血的风险。而且由于自己的家人也遭到镇压，他们对示威者深感同情。

“阿拉伯之春”始于2010年的一场自发性示威活动，抗议突尼斯一名街头小贩遭到粗暴对待。随着整个阿拉伯世界对本国统治者的傲慢和疏离民众感到愤怒，大批民众走上街头，这场浪潮也迅速升级。

报道称，人们现在的态度可能更加现实。“阿拉伯之春”令人们对许多永远不可能实现的东西燃起了希望：结束腐败，增加就业，降低物价，以及给人民带来新的尊严感。但是这一切并没有发生。反对派不成熟，组织混乱。而旧政权，特别是军队，却能够在社会结构开始崩溃和幻想破灭时等待时机，保住权力。