上海作为拥有2000多万人口的国际大都市，地下交通四通八达，17条（含磁浮）运营线路，总长度705公里（地铁676公里+磁浮29公里），换乘车站57座，不仅联通上海两大机场和五个火车站之外，一些线路还延伸到了外省市。全年运送乘客37亿人次，日均客流约1015万人次。

在疫情爆发前的2019年12月31日，上海地铁路网客流总量单日就达到1303.35万人次。在新冠肺炎疫情发生后，如何守住上海的“交通大动脉”，保障市民出行、企业复产成为上海地铁面临的挑战。

1月23日，武汉关闭所有离汉通道，正式“封城”；1月24日，上海宣布启动重大突发公共卫生事件一级响应机制。而在1月22日，上海地铁已紧急制定了《进一步加强站车环境卫生保洁消毒相关要求》，《要求》明确指出，上海地铁各车站要对运营服务设施、乘客休息室、厕所等按规定做好保洁及消毒工作，做好集中空调通风系统有关设备设施清洗、消毒工作，并增加消毒频次，按需要开启车站公共区域通风系统。

1月25日，上海地铁进一步强化对新型冠状病毒的防护措施，在原有清洁消毒基础上车站进一步确保每日2次或以上全面卫生清洁和严格消毒，列车车厢确保每日1次卫生清洁和严格消毒，车站安检设施、商业设施、票卡等也增加日常消毒频次。

为阻断疫情传播，1月26日下午1时起，上海地铁决定暂停了连接江苏省昆山市境内的轨道交通11号线花桥站至安亭站区段运营服务。

1月27日，上海地铁在所有车站均设立了隔离区，一旦发现疑似病例，地铁工作人员将立即对相关公共区域、空调系统、患者所涉及物品和场所进行全面清洁消毒。必要时，上海地铁还将临时关闭出入口和他服务设施。

2月3日，上海地铁在9座车站启动乘客测温进站，共设有23个测温点。3天后又新增51座车站实施乘客测温进站。

测温超过37.3℃的乘客，将进行登记并上报个人信息，如14天内有过湖北旅行史或与湖北来沪人员接触的，车站将转移乘客至隔离区进行体温复核，同时拨打120转送医疗机构排查。

2月5日起，上海地铁对未佩戴口罩的乘客进行劝阻。这也就意味着不戴口罩，就不能乘坐上海地铁。

2月7日起，上海地铁暂时取消轨道交通1、7、8、9、13号线周五、周六延时运营，只保留2、10号线周五、周六延时运营。

同天，上海出现首个不佩戴口罩强行冲闯地铁车站的违法人员，最终被警方行政拘留。

当天下午，上海发布了新的确诊病例涉及区域和场所情况，金京路地铁站和陕西南路地铁站成了防疫重点区域。运营结束后，上海地铁立即对两座车站的公共区域进行30分钟以上的封闭式消毒，包括对车站的空调过滤网进行喷洒及浸泡消毒，工作人员使用的防护用具也进行了更换、消毒。

2月10日，是上海企事业单位复工复产的日子。尽管很多企业选择让员工在家“云办公”，但乘坐地铁出行的市民还是比之前增加了不少。

为了不漏掉任何一个发热人员，上海地铁不断推进车站测温。2月12日，上海地铁测温完成412座车站路网全覆盖（除花桥段外）。

2月22日起，上海地铁2、5、7、8、16号线临时调至21时结束运营，这也是地铁运营方的首次尝试。

2月28日，上海地铁启动乘客扫码登记措施，为重点疑似病患相关密切接触者的后续追溯提供数据支撑。

2月29日，上海规模以上工业企业复工率94.5%、人员到岗率64.6%、复产率66%；大集团复工率97.4%、人员到岗率63.8%、复产率58%；中小企业复工率53%、人员到岗率45%。而随着复工率的提升，上海地铁也迎来了客流早高峰。

早在2月27日，上海地铁工作日客流最大的车站——世纪大道站就率先实行早高峰限流，这也是上海地铁在防疫期间第一次限制早高峰客流。3月2日，继世纪大道站后，又有17座上海地铁站实施在早高峰限流。限流方式有蛇形栏杆绕行、分段限流、分批放行、车站设备调整等。目的都是为了控制进站人流，以时间换空间。

3月9日，上海地铁成立“新冠肺炎疫情防控上海轨道交通大客流对策部”，通过客流预测、现场客流监控、乘客舆情，对路网各车站做到动态管控。当天早晨，有乘客反映8号线芦恒路站排队时间过长。对策部经过调研和讨论后决定10日起调整芦恒路站限流措施，同时8号线杨思站启动站外限流，以分摊拥堵区段客流压力。

3月10日，早高峰限流车站从9日的25座增加至27座。随后的每天，上海地铁早高峰限流地铁站数量均有变化。

3月11日，早高峰限流车站为25座。相比3月10日，上海地铁取消了2号线的广兰路站、淞虹路站的限流措施。13日，上海早高峰限流地铁站减至12座。

截至3月9日上午9时，上海地铁全路网客流134.5万人次（进站客流85.1万人次），同比去年（3月11日周一）减少183.0万人次，降幅57.62%；环比（3月2日周一）增加19.7万人次，增幅17.18%。